Toekomstige verfijning van diagnostiek en therapie met DNA-microarrays. II. Toepassingen

- The most important (future) applications of DNA microarrays in medicine are based on three different molecular analyses: gene expression analysis, genotyping with a specific type of microarray (single nucleotide polymorphism chip (SNP chip)), and DNA sequencing to search for a well-known mutation in a certain gene.

- With gene expression analysis one can obtain a ‘molecular signature’ of a tissue by allowing tissue RNA to react with a DNA microarray. This information may help to refine disease classifications, to guide the choice of therapy and to find new therapeutic targets.

- Genotyping utilizes genomic DNA that, after digestion, reacts with a SNP chip to obtain an individual SNP pattern. An SNP is a change of a single base pair within a gene sequence that can sometimes influence the function of the gene product. SNPs are considered to be variations in the genome and should be distinguished from mutations. These variations can for instance provide information about the probability of a certain disease, or the effectiveness or side effect of a certain drug.

- Sequencing well characterized genes to search for mutations is used to screen for genetic abnormalities. This process can be accelerated with the aid of oligonucleotide arrays. With this tool an individual's risk of developing certain forms of cancer or monogenetic diseases can be estimated.

Samenvatting

- De belangrijkste (toekomstige) toepassingen van DNA-microarrays in de geneeskunde berusten op 3 verschillende moleculaire analysen: genexpressieanalyse, genotypering met een specifiek soort microarray (single-nucleotidepolymorfisme(SNP)-chip), en sequencen van een bekende genmutatie.

- Bij genexpressieanalyse wordt de ‘moleculaire signatuur’ van weefsel onderzocht door weefsel-RNA te laten reageren met een DNA-microarray. Deze informatie kan nuttig zijn voor verfijning van ziekteclassificaties of diagnostiek, en voor het vinden van nieuwe aangrijpingspunten voor therapie.

- Bij genotypering laat men genomisch DNA dat in stukjes is geknipt, reageren met een SNP-chip, om een individueel SNP-patroon te verkrijgen. Een SNP is een verandering van één basenpaar in een gen, die soms invloed kan hebben op de werking van het genproduct. Variaties zijn geen mutaties; ze geven informatie over de kans op een bepaalde ziekte of (bij)werking van een geneesmiddel.

- Door het sequencen van een bepaalde mutatie in een gen waarvan de normale sequentie bekend is, kan men screenen op erfelijke afwijkingen. Hiermee kan het individuele risico op bepaalde vormen van kanker of monogenetische neurologische ziekten ingeschat worden.